Vua Minh Mạng và tả quân Lê Văn Duyệt vốn có nhiều hiềm khích và tư thù. Minh Mạng tuy ghét nhưng không dám[2] làm gì Lê Văn Duyệt vì công lao và uy quyền quá lớn của ông với triều đình.[2]

Năm 1832, ngay sau khi Lê Văn Duyệt mất, vua Minh Mạng bèn tìm cách giành lại quyền lực của mình ở thành Gia Định. Vua bãi bỏ chế độ tổng trấn[3], tất cả đổi là tỉnh, trực thuộc vào triều đình Huế, cắt đặt quan lại vào thay. Trong những quan lại ấy có Nguyễn Văn Quế làm tổng đốc, Bạch Xuân Nguyên làm bố chính, Nguyễn Chương Đạt làm án sát.[3]

Theo sách Việt Nam sử lược của Trần Trọng Kim, thì: vốn là người tham lam, tàn ác; nên khi đến làm bố chính ở Phiên An, Bạch Xuân Nguyên nói rằng phụng mật chỉ truy xét việc riêng của Lê Văn Duyệt, rồi đòi hỏi chứng cớ, trị tội bọn tôi tớ của ông Duyệt ngày trước[3].

Trước khi đi, Bạch Xuân Nguyên đã được Minh Mạng bí mật dặn dò[4][5] về việc dựng nên một bản án chống lại Lê Văn Duyệt[5]. Ngay khi tới nơi, Bạch Xuân Nguyên làm một báo cáo dày nhiều tập[5] trong đó lên danh sách[4], tìm bằng chứng, rồi buộc Lê Văn Duyệt nhiều tội trong đó có các tội tham nhũng, lạm dụng quyền lực[6], đơn cử như việc Lê Văn Duyệt mở rộng thành Bát Quái, đóng thêm tàu được xem là một bằng chứng xác đáng về tội ác chống triều đình của Lê Văn Duyệt[4], nhưng vì ông đã chết nên cho người đánh mộ 100 roi[7][8] Đồng thời nhiều thuộc hạ của Lê Văn Duyệt cũng bị bắt, và 16 người nhà của Lê Văn Duyệt bị giết chết[7].

Những hành động này đã thúc đẩy các thuộc hạ của Lê Văn Duyệt, trong đó có con nuôi ông là Lê Văn Khôi, lo sợ cho số phận của mình, nên họ dấy binh nổi dậy dưới sự lãnh đạo của Lê Văn Khôi[7][8].